Conforme mencionado nos comentários de @JuanCarlosFarah e @RobertMunn , GridFS parece ser o melhor (e talvez o único?) maneira de inserir arquivos no banco de dados sem escrever um pequeno aplicativo.
mongofiles -d myMongoDB -l myFileName.ogg --type audio/ogg put "The Name of my File in the Collection"
Veja mongofiles para mais detalhes.
