Acabei de configurar o Djongo e o MongoDB Atlas com o seguinte:
DATABASES = {
'default': {
'ENGINE': 'djongo',
'NAME': '<db name>',
'HOST': 'mongodb+srv://<db username>:<db password>@....mongodb.net/test?retryWrites=true',
'USER': '<db username>',
'PASSWORD': '<db password>',
}
}
Espero que ajude!