Vejo que há um ticket para isso:https://github.com/hmarr/mongoengine/ questões/508
Funciona para mim aqui está um exemplo de caso de teste:
def test_only_with_mapfields(self):
class BlogPost(Document):
content = StringField()
author = MapField(field=StringField())
BlogPost.drop_collection()
post = BlogPost(content='Had a good coffee today...',
author={'name': "Ross", "age": "20"}).save()
obj = BlogPost.objects.only('author__name',).get()
self.assertEquals(obj.author['name'], "Ross")
self.assertEquals(obj.author.get("age", None), None)