Na verdade, você não precisa do módulo MangoDB para Kohana ao qual você vinculou. Você pode simplesmente usar o driver nativo MongoDB do PHP. A linguagem de consulta do mongo é bastante simples, se você conhece um pouco do MySQL, esta página ajudaria ...
http://www.php.net/manual/en/mongo.sqltomongo .php
Aqui está um exemplo usando o driver, ele conecta, inicia e insere em uma nova coleção e depois seleciona todos os dados da coleção...
$m = new Mongo();
$db = $m->my_database;
$db->my_new_collection->insert(array("a" => 1, "b" => 1));
$found_data = $db->my_new_collection->find();
Veja mais em http://www.php.net/manual/en/ mongo.manual.php
Se você quiser usar o MangoDB, sugiro ler o código e verificar os fóruns do kohana para obter informações sobre ele.
http://forum.kohanaframework.org/search?Search=mangodb
