Acabei de desenvolver este:https://github.com/eberhara/mongration - você também pode encontrar no npm.

Precisávamos de uma boa estrutura de migração de nós para o mongodb, mas não conseguimos encontrar nenhuma - então construímos uma.

Ele tem muitos recursos melhores do que os frameworks de migração regulares:

• Checksum (emite um erro quando uma migração executada anteriormente não corresponde à versão antiga)
• Persiste o estado de migração para o mongo (não há arquivo de estado regular)
• Suporte total a conjuntos de réplicas
• Tratar reversões automáticas (os desenvolvedores devem especificar os procedimentos de reversão)
• Capacidade de executar várias migrações (síncronas ou assíncronas) ao mesmo tempo
• Capacidade de executar migrações em diferentes bancos de dados ao mesmo tempo