Tente usar o comando de atualização junto com o "$in "operador:
var ids= [];
for (var i=0 i<input.body.length; ++i) {
ids.push(input.body[i].id);
}
mongoose.model('person').update( {id : {"$in":ids}}, {active:false} , {multi: true} , function(err,docs) { ... });
Espero que isto ajude
