MapReduce passa todos os documentos em uma coleção para a função map exceto se você passar a opção {query:} que ele usará para "pré" filtrar os documentos enviados ao MapReduce. Você também pode passar uma opção {sort:} para mapReduce e ele enviará documentos para a função map classificada nesse(s) campo(s).
Esses são os únicos dois lugares onde os índices serão usados - depois disso tudo acontece no thread Javascript que é gerado para o trabalho.