Acabei encontrando a solução aqui. Espero que possa ajudar outra pessoa.
Claro, quando tudo mais falhar, leia os documentos ...
Também é válido um
OrderedDict query = [('collMod', 'contacts'),
('validator', {'phone': {'$type': 'string'}}),
('validationLevel', 'moderate')]
query = OrderedDict(query)
db.command(query)
{'ok': 1.0}
EDITAR:
Documentação atual de onde vem o acima. Observe que isso foi adicionado depois que a pergunta foi respondida originalmente, então a documentação foi alterada, mas ainda deve ser relevante
