Atualizando vários subdocumentos via Mongoose?

A solução que consigo pensar é atualizar o documento aninhado um por um.

Suponha que tenhamos as frases proibidas, que é um array de strings:

var bannedPhrases = ["censorship", "evil"]; // and more ...

Em seguida, realizamos uma consulta para encontrar todos os UserComments que tem comments que contenham qualquer uma das bannedPhrases .

UserComments.find({"comments.comment": {$in: bannedPhrases }});

Usando promessas, podemos realizar a atualização de forma assíncrona juntos:

UserComments.find({"comments.comment": {$in: bannedPhrases }}, {"comments.comment": 1})
  .then(function(results){
    return results.map(function(userComment){

       userComment.comments.forEach(function(commentContainer){
         // Check if this comment contains banned phrases
         if(bannedPhrases.indexOf(commentContainer.comment) >= 0) {
           commentContainer.isHidden = true;
         }
       });

       return userComment.save();
    });
  }).then(function(promises){
     // This step may vary depending on which promise library you are using
     return Promise.all(promises); 
  });

Se você usa Bluebird JS é a biblioteca de promessas do Mongoose, o código pode ser simplificado:

UserComments.find({"comments.comment": {$in: bannedPhrases}}, {"comments.comment": 1})
    .exec()
    .map(function (userComment) {

        userComment.comments.forEach(function (commentContainer) {
            // Check if this comment contains banned phrases
            if (bannedPhrases.indexOf(commentContainer.comment) >= 0) {
                commentContainer.isHidden = true;
            }
        });

        return userComment.save();
    }).then(function () {
    // Done saving
});