http://www.mongodb.org/display/DOCS/Updating explica 2 maneiras:

• 
  $set:para substituir o array atual por um novo (buscar o array anterior, remover um elemento ou dois e atualizar com $set)
  
• 
  db.users.update({name : "lenny linux"}, {$pull : { computers : { name : "computer2" } }}, false, false) para remover todos elementos do array computers que tem name 'computador2'.