Agora você está fazendo o equivalente a:
db.col.find({$in:[{Id:id1}, {Id:id2}, ..., {Id:idN}]})
O que não é uma consulta válida, pois você não está especificando em qual campo $in. Suponho que você queira:
db.col.find({Id:{$in:[id1, id2, ..., idN]}})
Altere seu código de construção de consulta de acordo e você deve ficar bem.
EDIT:Adicionando o código correto:
public static void getDocuments(List<Integer> documentIds) {
BasicDBList docIds = new BasicDBList();
docIds.addAll(documentIds)
DBObject inClause = new BasicDBObject("$in", docIds);
DBObject query = new BasicDBObject("Id", inClause);
DBCursor dbCursor = mongoRule.getDatabase().getCollection("mycollection").find(query);
System.out.println(dbCursor == null);
if (dbCursor != null) {
while (dbCursor.hasNext()) {
System.out.println("object - " + dbCursor.next());
}
}
}
Observe que isso pressupõe que "Id" seja algo diferente de "_id"
