Os nomes dos bancos de dados não são os mesmos, é só que um tem um caractere não imprimível nele que a interface javascript do shell do mongo está suprimindo para você.

No mongo, cabe ao driver garantir que o usuário não possa enviar dados não padrão ao servidor, mas foi demonstrado que o BSON é extremamente flexível no que pode armazenar.

Como você está falando de um banco de dados inteiro, a maneira mais fácil de corrigir esse problema seria desligar o mongo e remover os arquivos do banco de dados. Você pode encontrar onde esses arquivos estão com o db.serverCmdLineOpts() comando.