Ao usar subdocumentos, você realmente tem uma cópia dos dados dentro do seu documento-pai, o que permite obter todos os dados do documento + sub-documento em uma única consulta.
Ao usar "modelos aninhados", você não está realmente aninhando-os, mas fazendo referência do modelo pai ao modelo filho. Nesse caso, você deve usar população , o que significa que você não pode obter todos os dados em uma única consulta.
Resumindo :os subdocumentos realmente aninham os dados e seus "modelos aninhados" apenas os referenciam por meio de seu id