{ allowDiskUse: true }
Deve ser colocado logo após o pipeline de agregação.
No seu código isso deve ficar assim:
db.getCollection('RAW_COLLECTION').aggregate([
// Group on unique value storing _id values to array and count
{ "$group": {
"_id": { RegisterNumber: "$RegisterNumber", Region: "$Region" },
"ids": { "$push": "$_id" },
"count": { "$sum": 1 }
}},
// Only return things that matched more than once. i.e a duplicate
{ "$match": { "count": { "$gt": 1 } } }
], { allowDiskUse: true } )
Observação:usando
{ allowDiskUse: true } pode apresentar problemas relacionados ao desempenho, pois o pipeline de agregação acessará dados de arquivos temporários no disco. Também depende do desempenho do disco e do tamanho do seu conjunto de trabalho. Teste o desempenho para seu caso de uso 
