O que acontecerá se o desenrolar for aplicado a um campo que não está presente ao usar a agregação no mangusto

Não, não:

Aqui está um exemplo simples:

> db.test.insert({a:[1]})
> db.test.insert({})

> db.test.aggregate({$unwind:'$a'})
{ "_id" : ObjectId("557362a17b97d77c38793c21"), "a" : 1 }
// no error -- but unwind only the document having the `a` field.

Mas:

> db.test.insert({a:2})
> db.test.aggregate({$unwind:'$a'})
// will result in error 15978:
// """Value at end of $unwind field path '$a' must be an Array,
//    but is a NumberDouble"""

De acordo com sua edição, se você precisar manter documentos com um ausente campo para relaxar, você pode $project um valor padrão usando $ifNull :

> db.test.find()
{ "_id" : ObjectId("557362a17b97d77c38793c21"), "a" : [ 1 ] }
{ "_id" : ObjectId("557362a57b97d77c38793c22") }

> db.test.aggregate([
    {$project: { a: { $ifNull: ['$a', [ null ]]}}},
    {$unwind: "$a"}
])
{ "_id" : ObjectId("557362a17b97d77c38793c21"), "a" : 1 }
{ "_id" : ObjectId("557362a57b97d77c38793c22"), "a" : null }