o que você realmente precisa é arquivar os dados antigos. Sugiro que você dê uma olhada neste tópico na lista de discussão do mongodb:
https://groups.google.com/forum/#!topic/mongodb-user/rsjQyF9Y2J4 Último post lá de Michael Dirolf (10gen) diz:

então eu acho que você pode ficar com uma única coleção e bons índices farão o trabalho.
de qualquer forma, se a coleção for muito grande, você sempre pode executar o processo de arquivamento manual.