Atualmente (MongoDB 3.2) a agregação não suporta o executionStats, com a opção de explicação na agregação você obtém alguns dados relacionados à consulta, mas não há execuçãoStats nele. É proposto e você pode verificar seu status aqui

https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-19758

Por favor, dê um upvote no problema se você quiser implementar isso em breve.