Você está comparando duas coisas diferentes. moment() dá a hora no fuso horário local e Date.now é a hora em UTC. A única razão pela qual o mongoose tem esse caminho é porque o mongo db o salva dessa maneira. Nenhuma correção é necessária aqui.

Basta converter a data do mangusto buscada de volta para o fuso horário local usando a biblioteca de momentos.