Você está comparando duas coisas diferentes.
moment()
dá a hora no fuso horário local e Date.now
é a hora em UTC. A única razão pela qual o mongoose tem esse caminho é porque o mongo db o salva dessa maneira. Nenhuma correção é necessária aqui. Basta converter a data do mangusto buscada de volta para o fuso horário local usando a biblioteca de momentos.