Como posso obter os principais n buckets para uma agregação e todos os outros buckets combinados em outro bucket?

O que você quer é chamado de ponderação . Para fazer isso, você precisa adicionar um peso aos seus documentos $project e usando o $cond operador, então classifique-os por "peso" em ordem crescente e por "quantidade de compra" em ordem decrescente.

db.collection.aggregate([
    { "$project": { 
        "purchasequantity": 1, 
        "w": { 
            "$cond": [ { "$eq": [ "$_id", "others" ] }, 1, 0 ] 
        } 
    }}, 
    { "$sort": { "w": 1, "purchasequantity": -1 } } 
])

Que retorna:

{ "_id" : "customer100", "purchasequantity" : 4000000, "w" : 0 }
{ "_id" : "customer5", "purchasequantity" : 81800, "w" : 0 }
{ "_id" : "customer4", "purchasequantity" : 40900, "w" : 0 }
{ "_id" : "customer3", "purchasequantity" : 440, "w" : 0 }
{ "_id" : "customer1", "purchasequantity" : 300, "w" : 0 }
{ "_id" : "others", "purchasequantity" : 29999, "w" : 1 }