Um grep rápido da árvore de origem parece indicar que os índices exclusivos são usados ​​apenas na inserção, portanto, não deve haver nenhum benefício ou prejuízo de desempenho entre uma consulta que retorna um documento, seja o índice exclusivo ou não.

Os índices do MongoDB são implementados como btrees, portanto, não faria nenhum sentido lógico que eles tivessem um desempenho diferente, independentemente de o índice ser exclusivo ou não.