Você pode verificar o nome de usuário na parte de condição da consulta de atualização:
var conditions = {
_id: id,
'members.username': { $ne: 'something' }
};
var update = {
$addToSet: { members: { name: 'something', username: 'something' } }
}
SomeModel.findOneAndUpdate(conditions, update, function(err, doc) {
...
});
