Até onde eu sei, o Mongoose não tem um 'formato padrão'. Em vez disso, ele salva
Date instâncias como (eu acho) timestamps RFC 822 (Mon Jan 02 2012 00:00:00 GMT+0100 (CET) ), e os analisa de volta do banco de dados executando new Date(INPUT) . Essa última ação é o seu problema:
> new Date('01.02.2012')
Mon Jan 02 2012 00:00:00 GMT+0100 (CET)
Como você pode ver, o próprio Javascript o analisa como
mm.dd.yyyy . Não sei se isso é solucionável sem ter que atualizar seu banco de dados. 
