você pode criar um loop javascript que faça o trabalho e depois executá-lo no mongoconsole.
var dbs = db.getMongo().getDBNames()
for(var i in dbs){
db = db.getMongo().getDB( dbs[i] );
print( "dropping db " + db.getName() );
db.dropDatabase();
}
salve-o em dropall.js e execute:
mongo dropall.js
