Não há absolutamente nenhuma necessidade de mexer nos arquivos de inicialização (o que você realmente não deve fazer a menos que exatamente sabe o que está fazendo) ou instale software adicional para gerenciar o MongoDB.
Prefiro sugerir ler a extensa documentação do MongoDB sobre o arquivo de configuração opções .
A única coisa que você precisa fazer é definir
auth=true
para arquivos de configuração legados ou
security:
authorization: enabled
para arquivos de configuração YAML em
/etc/mongod.conf 
