Você terá que executar dois
mongod
processos, por exemplo # Dev
mongod --port 27017 --dbpath .meteor/local/db_dev
# Testing
mongod --port 28017 --dbpath .meteor/local/db_test
[Editar] Isso deve funcionar. Usando o projeto de exemplo de tabela de classificação:
MONGO_URL="mongodb://127.0.0.1:27017/appname_dev" meteor run --port 3000
MONGO_URL="mongodb://127.0.0.1:28017/appname_test" meteor run --port 4000
Isso usará bancos de dados separados.