Você descartou uma coleção, mas não o banco de dados que a contém. A eliminação da coleção não compacta os arquivos de dados, nem a exclusão de um documento. Se você realmente deseja compactar o banco de dados, descarte-o completamente e reimporte-o ou compacte-o usando repairDatabase (consulte os documentos ). Cuidado, porém, você não pode compactar o banco de dados online, acho que se você tiver apenas um nó.

Se você tiver um conjunto de réplicas, adicionar novos nós e remover os antigos é a maneira mais segura de compactar o banco de dados online. Eu faço isso de vez em quando e é fácil.