No seu exemplo, você está realmente usando o DocumentDB com compatibilidade com o MongoDB. Você não está usando o MongoDB nativo (nem este é o MongoDB nativo como serviço).

DocumentDB (mesmo com compatibilidade com MongoDB) não fornece um oplog. E como o Meteor depende da leitura do oplog, você não poderá apontar o Meteor no DocumentDB.

No seu caso, você precisaria executar o MongoDB nativo por conta própria (por exemplo, em VMs) ou aproveitar uma solução de hospedagem MongoDB de terceiros que fornece suporte ao MongoDB na mesma região que seu aplicativo. (ok, sim, você pode executar seu aplicativo em uma região diferente, mas verá a latência junto com as cobranças de saída de dados).