Você pode criar seu site e, em seguida, obter o id:
python ./manage.py shell
>>> from django.contrib.sites.models import Site
>>> s = Site()
>>> s.save()
e depois:
python ./manage.py tellsiteid
python ./manage.py shell
>>> from django.contrib.sites.models import Site
>>> s = Site()
>>> s.save()
python ./manage.py tellsiteid