Eu não acho que isso seja possível, mas uma solução possível é fazer o hash do documento.
ao salvar, sempre crie um hash do documento:
var doc = {};
delete doc.hash; // never include the hash itself in the calculation
doc.hash = crypto.createHash('sha256').update(JSON.stringify(doc)).digest();
db.collection.insert(doc);
Então, ao consultar, você pode consultar por hash:
db.collection.find({
hash: hash
})
pode ser irritante se você fizer atualizações atômicas com frequência no documento.