Você pode usar o método RunCommand para executar o comando eval. Nós a removemos da própria API porque não queremos que você a use. Dê uma olhada nestas seções para saber por que você não deve usar eval, primeiro e segundo .
Eu sugiro que você repense sua estratégia de "procedimento armazenado". Enquanto eu aplaudo seus esforços para centralizar e DRY seu código, o eval no MongoDB matará o desempenho e a simultaneidade.