Acabei de encontrar uma solução e funciona perfeitamente para mim.
mongoose.connection.db.collection('player').updateOne(
{_id: mongoose.Types.ObjectId('56cb91sf34746f14678934ba')},
{$set: {name: 'Test'}}
);
Esta consulta não atualizará o
updatedAt campo. Espero que você ainda precise disso! 
