Não se preocupe muito em abrir e fechar conexões. O driver MongoDB C# mantém um pool de conexões interno, para que você não sofra sobrecarga de abertura e fechamento de conexões reais toda vez que criar um novo MongoServer objeto.

Você pode criar uma interface de repositório que exponha sua lógica de dados e criar uma implementação do MongoDB que seja injetada onde for necessário. Dessa forma, o código de conexão específico do MongoDB é abstraído do seu aplicativo, que vê apenas o IRepository.

Tenha cuidado ao tentar implementar um padrão de tipo de unidade de trabalho com o MongoDB. Ao contrário do SQL Server, você não pode inscrever várias consultas em uma transação que pode ser revertida se uma falhar.

Para um exemplo simples de um padrão de repositório que tem implementações MongoDB, SQL Server e JSON, confira o Código de armazenamento NBlog . Ele usa Autofac IoC para injetar repositórios concretos em um aplicativo ASP.NET MVC.