Sessões do Connect-mongo não estão sendo excluídas automaticamente

Você não definiu um clear_interval para suas sessões .. o padrão do connect-mongo é -1 (ou "nunca"):

Exemplo de remoção de sessões expiradas a cada hora (3600s):

var sessionStore = new MongoStore({
     db: 'myappsession',
     clear_interval: 3600
});

Você também deve certificar-se de ter definido um maxAge em suas sessões para que elas realmente expirem (por exemplo, usando 1 dia):

app.use(express.session({
    secret: "myappsecret",
    cookie: { maxAge: 24 * 60 * 60 * 1000 },
    store:sessionStore
}));