O segundo parâmetro de find permite selecionar campos . Então você pode usar isso (observe que o campo _id é sempre selecionado de qualquer maneira):
db.mycollection.find({}, {"user_id": 1, "total": 1});
Você também pode excluir certos campos, então isso seria equivalente:
db.mycollection.find({}, {"items": 0});
Você pode excluir o campo _id fazendo:
db.mycollection.find({}, {"user_id": 1, "_id": 0});
