Resumidamente:

• findOneAndDelete() retorna o documento excluído após tê-lo excluído (caso você precise de seu conteúdo após a operação de exclusão);
• deleteOne() é usado para excluir um único documento
• remove() é uma função obsoleta e foi substituída por deleteOne() (para excluir um único documento) e deleteMany() (para excluir vários documentos)


findOneAndDelete() deve poder excluir em _id .