Q1:Se você atualizar com permalink 'jaiho' em vez de 'haha', certamente atualiza o e-mail;
> db.posts.update({"permalink" : "jaiho"},{$set:{"comments.0.email":1}})
> db.posts.find()
..., "email" : 1 },...
Q2:O mesmo vale para esta inclusão;
> db.posts.update({"permalink" : "jaiho"},{$inc:{"comments.0.num_likes":1}})
> db.posts.find()
..., "num_likes" : 1 },...