Obtenha a contagem total por db.yourCollection.count()

Em seguida, conte o registro que possui um número maior usando
db.yourCollection.find({$gte: value}).count()

Se a contagem total =1000, conte para maior ou igual =950, então você tem 950/1000 - top 95%

Mas se você usa sua coleção com frequência no modo de leitura e rara no modo de gravação, sugiro fazer uma nova coleção temporária usando MapReduce para ter registros {_id:..., percent:...}