Muito provavelmente você está enfrentando problemas devido ao crescimento recorde, consulte http ://docs.mongodb.org/manual/core/write-performance/#document-growth .

O Mongo prefere registros de tamanho fixo (ou pelo menos limitado). Aumentar o tamanho do registro além do armazenamento pré-alocado fará com que o documento seja movido para outro local no disco, multiplicando sua E/S a cada gravação. Considere pré-alocar espaço "suficiente" para o documento médio na inserção, se os tamanhos dos documentos forem relativamente homogêneos. Caso contrário, considere dividir as matrizes aninhadas de crescimento rápido em uma coleção separada, substituindo as atualizações por inserções. Verifique também sua fragmentação e considere compactar seus bancos de dados de tempos em tempos, para que você tenha uma maior densidade de documentos por bloco, o que reduzirá as falhas de página difíceis.