require('./config/passport')(passport);
Altere o caminho do arquivo. Sem este funcionamento, as configurações do passaporte não serão repassadas para as rotas.
Aqui está um trecho de onde a linha deve estar localizada:
// server.js
// configuration
===============================================================
mongoose.connect(configDB.url); // connect to our database
require('./config/passport')(passport); // pass passport for configuration
