Você está codificando duas vezes :
json_docs = [json.dumps(doc, default=json_util.default) for doc in stories]
resp = jsonify(data=json_docs)
Agora cada entrada em
json_docs é uma string que representa um objeto JSON. Remova o
json.dumps() ligar:resp = jsonify(data=stories)
ou use
flask.json.dump() com uma Response() :resp = Response(json.dumps({'data': stories}, default=json_util.default),
mimetype='application/json')
Isso permite que você use seu
json_util.default manipulador nos objetos do cursor ainda. 
