Builders
é uma classe realmente flexível, também substituiu os operadores "& =E" e "| =OU" Seu exemplo será
var filter = Builders<User>.Filter.Eq(x => x.A, "1");
filter &= (Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "4") | Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "5"));