Talvez você deva usar "$set" em sua consulta de atualização assim:
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Mais informações na documentação
EDITAR
Se não funcionar, provavelmente é porque não há correspondência com seu filtro.
Talvez você deva tentar combinar com um ObjectId assim:
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Espero que ajude.
