Na verdade, eu já respondi a essa pergunta muito semelhante antes. As limitações do Map Reduce no MongoDB foram descritas anteriormente - como você mencionou, é single threaded, deve ser convertido para Java Script (spidermonkey) e vice-versa, etc.

Por isso existem outras opções:

1. O MongoDB Hadoop Connector (suportado oficialmente)
2. A estrutura de agregação (requer 2.1+)

No momento em que este artigo foi escrito, a versão estável 2.2.0 ainda não havia sido lançada, mas dependia do RC2, portanto, o lançamento deve ser iminente. Eu recomendaria dar uma chance como uma comparação mais significativa para esse tipo de teste.