O MongoDB não possui chaves estrangeiras (como você deve ter notado). Fundamentalmente, a resposta é, portanto, "Não permita que os usuários adulterem as solicitações. Permita apenas que o aplicativo insira dados que sigam suas regras de integridade referencial".

O MongoDB é ótimo de várias maneiras... mas se você achar que precisa de chaves estrangeiras, provavelmente não é a solução correta para o seu problema.