Sim, você pode obter a lista de bancos de dados existentes. A partir do driver Java, você pode fazer algo assim para obter os nomes do banco de dados em um mongod servidor rodando em localhost
Mongo mongo = new Mongo( "127.0.0.1", 27017 );
List<String> databaseNames = mongo.getDatabaseNames();
Isso é equivalente ao comando "show dbs" do shell do mongo. Tenho certeza de que existem métodos semelhantes em todos os drivers.
