mongorestore só irá remover a coleção existente se você usar o --drop argumento.

Se você não usar --drop , todos os documentos serão inseridos na coleção existente, exceto um documento com o mesmo _id já existe. Documentos com o mesmo _id serão ignorados, eles não serão mesclados. Então mongorestore nunca excluirá ou modificará nenhum dos dados existentes por padrão.