Você pode adicionar o seguinte ao arquivo de configuração fornecido ao executar
mongod --config mongod.conf
Para MongoDB 3.x (última versão)
storage:
mmapv1:
smallFiles: true
Para a versão 2.6+
storage:
smallFiles: true
Para a versão 2.4 e menos
smallfiles = true
Em seguida, execute o mongod para aceitar seu arquivo de configuração (aqui assume que a localização da configuração é /etc/mongodb.conf ):
mongod -f /etc/mongodb.conf
Documentação para arquivos pequenos parâmetro:
Set to true to modify MongoDB to use a smaller default data file size.
Specifically, smallfiles reduces the initial size for data files and
limits them to 512 megabytes. The smallfiles setting also reduces the
size of each journal files from 1 gigabyte to 128 megabytes.