De C, A &P (Consistência, Disponibilidade e Tolerância de Partição) quais 2 são mais importantes para você? Referência rápida, o Guia Visual para Sistemas NoSQL

• MongodB:consistência e tolerância de partição
• CouchDB:disponibilidade e tolerância de partição

Uma postagem no blog, Cassandra vs MongoDB vs CouchDB vs Redis vs Riak vs HBase vs Membase vs Neo4j comparação tem 'Melhor usado ' cenários para cada banco de dados NoSQL comparado. Citando o link,

• MongoDB:se você precisar de consultas dinâmicas. Se você preferir definir índices, não funções de mapeamento/redução. Se você precisa de um bom desempenho em um grande banco de dados. Se você queria o CouchDB, mas seus dados mudam muito, enchendo os discos.
• CouchDB :Para acumular, ocasionalmente alterar dados, nos quais as consultas predefinidas devem ser executadas. Lugares onde o controle de versão é importante.

Uma comparação recente (fevereiro de 2012) e mais abrangente de Riyad Kalla,

• MongoDB:SOMENTE replicação mestre-escravo
• CouchDB:replicação mestre-mestre

Uma postagem no blog (outubro de 2011) de alguém que experimentou os dois, A MongoDB Guy Learns CouchDB comentou sobre a paginação do CouchDB não ser tão útil.

Um benchmark datado (junho de 2009) de Kristina Chodorow (parte da equipe por trás do MongoDB ),

Eu iria para o MongoDB.

Espero que ajude.