Você pode precisar usar um atributo Bson em sua propriedade assim.
[BsonId]
[BsonRepresentation(BsonType.ObjectId)]
public string Id { get; set; }
Há uma boa explicação desses atributos nesta pergunta respondida
BsonId vs BsonRepresentation
[BsonId]
[BsonRepresentation(BsonType.ObjectId)]
public string Id { get; set; }
