Isso deve ser:
WriteResult wr = getMongoTemplate().updateMulti(
new Query(where("rates.rateCardId").is(1234)),
new Update().set("rates.$[item].rate", 200),
new UpdateOptions()
.arrayFilters(
Arrays.asList( Filters.in("item.rateCardId",Arrays.asList(1,2)) )
),
ProductRates.class
);
Você precisa ter certeza de que o driver Java subjacente é uma versão 3.6.x ou superior para ter o
arrayFilters()
e provavelmente até suporta a adição de UpdateOptions()